Kvalitní odběr vzorku je předpokladem pro kvalitní bakteriologické vyšetření.

Doporučujeme odebrat tento klinický a sekční materiál:

• obsah tracheoalveolární laváže (není kontaminovaný bakteriemi zevního – stájového prostředí) – odběr do sterilní vzorkovnice;
• nosní výtěry – doporučujeme odběr na stěrovku s transportním mediem (tyto vzorky bývají často kontaminované sekundární stájovou mikroflórou, jsou ale pro odběr nejsnažší);
• plicní tkáň – odběr z čerstvého a vychlazeného kadáveru. Vhodným vzorkem je taková část plic, aby byl odebraný vzorek s rozhraním zdravé a nemocné tkáně, nebo celé plíce nebo celý kadaver pro kompletní vyšetření (nepropustný obal, vzorky chlazené, nezapařené); pokud vzorek není ihned dopraven do laboratoře, doporučujeme vzorek zamrazit;
• stěry z plicní tkáně – osvědčený a velmi vhodný vzorek; doporučujeme stěr z postižených plic na tampon s transportním mediem z čerstvých a nekontaminovaných kadaverů (tento mikrobiální obraz pak již nepodléhá pomnožení kontaminující mikroflory);
• nosní výtěry zaměřené na průkaz Mycoplasma bovis – pro toto speciální kultivační vyšetření nebo vyšetření metodou PCR naše laboratoř zasílá a připravuje speciální tekuté medium a speciální odběrové tampony; odběr a dodání těchto vzorků je vhodné konzultovat telefonicky.

Cíleně detekujeme například tyto respiratorní patogeny:

• Mannheimia haemolytica;
• Pasteurella multocida, Pasteurella sp.;
• Histophilus somni ( Haemophilus somnus);
• Streptococcus sp.;
• Arcanobacter pyogenes;
• Fusobacterium necrophorum, Klebsiella pneumoniae, Staphylococcus sp., Salmonella sp., aj.;
• + speciálním vyšetřením – Mycoplasma sp., Mycoplasma bovis, aj.;
• + často ve spolupráci s oddělením virologie (včetně sérologie) a laboratoří molekulární biologie diagnostikujeme smíšené infekce bakterií, virů, mykoplasmat a plísní.

Kvalitní odběr vzorku je předpokladem pro kvalitní kultivační bakteriologické vyšetření.

Doporučujeme odebrat tento klinický a sekční materiál:

• Rektální výtěr – nejlepší je použít odběrový tampon s AMIES transportním médiem nebo Cary-Blair médiem a co nejrychleji vzorek doručit do laboratoře; důležité je odebrat reprezentativní počet vzorků, v každém vzorku nemusí být patogen detekován; tento vzorek je vhodný zejména pro vyšetření na salmonely a E. coli, klostridia aj.;
• Trus, průjmová stolice – doporučujeme čerstvý materiál (sebraný ihned po vyprázdnění a identický k určitému zvířeti); takto odebraný trus je nejvhodnější pro bakteriologické i virologické, parazitologické aj. vyšetření; nedoporučujeme vzorek směsovat, protože záchyt patogenů a úspěšnost vyšetření se směsováním snižuje (pokud se však nejedná o směsný vzorek na salmonely); pokud se odebírá vzorek pro účel diagnostiky anaerobních bakterií – klostridií, je třeba ho odebrat tak, aby k němu neměl přístup vzduch, vhodné je použít transportní médium Cary-Blair, které k tomuto účelu laboratoř poskytuje (eventuálně lze zastaralým způsobem odebrat vzorek do trusovky tak aby byla plná nebo do igelitového sáčku a vytěsnit z něj vzduch; takto odebrané vzorky je však třeba okamžitě dodat do laboratoře);
• Střevo – lze použít, pokud je spojeno s vyšetřením virologickým; doporučujeme zamrazit; nezamrazovat však pro parazitologické vyšetření (obtížnější odběr i manipulace se vzorkem);
• Stěr z jejuna – pro diagnostiku klostridií – doporučujeme použít odběrový tampón a vložit jej okamžitě do speciálního transportního média (laboratoř dodává);
• Celý kadáver – čerstvý, velmi vhodný – patolog posoudí nejen patologický nález, ale kvalifikovaně provede odběr vzorků pro cílené vyšetření (bakteriologické, virologické atd.).

Cíleně detekujeme tyto gastrointestinální patogeny:

• Escherichia coli:
  • ETEC – ENTEROTOXIGENNÍ kmeny;
  • EHEC (VTEC, STEC) – ENTEROHAEMORHAGICKÉ kmeny (vero-shigatoxigenní);
  • EPEC – ENTEROPATOGENNÍ kmeny;
  • včetně kolonizačních faktorů F4 (K88), F5 (K99), F41, P987.
  Tato vyšetření se provádí ve spolupráci s laboratoří molekulární biologie metodou multiplex PCR.
• Salmonella enterica subsp. enterica: včetně typizace např. Salmonella enteritidis, typhimurium, dublin atd.;
• Clostridium perfringens: stanovení přítomnosti alfa, beta a epsilon toxinu ELISA testy nebo PCR metodami;
• Pseudomonas aeruginosa;
• Aeromonas sp., Proteus sp., Shigella sp., Campylobacter sp. aj.

– tzv. antibiogramy – viz ZDE